软件著作权的申请流程及费用如下：
一、申请流程
确认著作权人：
确认自己或所属组织为软件的合法著作权人。
准备申请材料：
个人申请者：准备身份证、软件基本信息（包括名称、版本号、开发完成时间）及非职务开发证明。
企业申请者：除上述资料外，还需营业执照、软件著作权归属协议或内部开发声明等文件。
源代码：准备60页的源代码，每页至少50行，总计3000行。若原程序代码不足60页，请提交全部代码。
用户手册：准备一份用户手册，通常约10~15页。
如果是多个申请主体，需提供合作开发协议，且合作时间间隔需超过3个月。
注册与登录：
访问中国版权保护中心官网，完成账号注册并登录。
填写信息：
在系统中选择“计算机软件著作权登记申请”，按照指引填写软件的基本信息、开发者详情及权利状态。
上传材料：
将准备好的所有申请材料，包括文档、源代码等，按照指定格式上传至系统。
提交申请：
核对无误后，提交申请至版权中心进行审核。此阶段需耐心等待审核结果。
受理与补正：
申请文件符合受理要求并缴纳申请费的，中国版权保护中心在规定的期限内予以受理，并向申请人发出受理通知书及缴费票据。
申请文件存在缺陷的，申请人应在规定期限内补正，逾期不补正的，申请将被视为撤回；经补正仍不符合登记办法的，登记机构将不予登记并书面通知申请人。
取得登记证书：
应当在中国版权保护中心受理之日起20个工作日内，核发计算机软件著作权登记证，申请人持受理通知书原件到版权中心领取证书。
二、申请费用
软件著作权登记申请费：250元/件次。该项费用只限于程序及其一种文档的登记，如申请登记多种文档，每增加一种文档，增收80元。
软件著作权合同登记费：每次100元。
软件著作权合同登记证书费：50元/件。
变更或补充登记费：150元/件次。
请求延期处理费：首次100元/件，第二次200元/件。
软件源程序封存保管费：100页内120元，超过100页，每页增收2元。
申请例外交存手续费：320元/件次。
软件权利转移备案费：
转让或许可：300元/件次。
继承：200元/件次。
软件著作权登记证书、软件权利转移备案证书和软件著作权续展证书费：各为50元/件。
异议请求费：150元/件次。
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